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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
21/01/2022 |
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Data da última atualização: |
05/12/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
TORRES, L. G.; OLIVEIRA, E. J. de; OGBONNA, A. C.; BAUCHET, G. J.; MUELLER, L. A.; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F.; SIMIQUELI, G. F.; RESENDE, M. D. V. de. |
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Afiliação: |
LÍVIA GOMES TORRES, UFV; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF; ALEX C. OGBONNA, CORNELL UNIVERSITY; GUILLAUME J. BAUCHET, BOYCE THOMPSON INSTITUTE; LUKAS A. MUELLER, CORNELL UNIVERSITY; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV; GUILHERME FERREIRA SIMIQUELI, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa. |
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Título: |
Can cross-country genomic predictions be a reasonable strategy to support germplasm exchange? A case study with hydrogen cyanide in cassava. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, v. 12, 742638, 2021. |
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ISSN: |
1664-462X |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fpls.2021.742638 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic prediction (GP) offers great opportunities for accelerated genetic gains by optimizing the breeding pipeline. One of the key factors to be considered is how the training populations (TP) are composed in terms of genetic improvement, kinship/origin, and their impacts on GP. Hydrogen cyanide content (HCN) is a determinant trait to guide cassava?s products usage and processing. This work aimed to achieve the following objectives: (i) evaluate the feasibility of using cross-country (CC) GP between germplasm?s of Embrapa Mandioca e Fruticultura (Embrapa, Brazil) and The International Institute of Tropical Agriculture (IITA, Nigeria) for HCN; (ii) provide an assessment of population structure for the joint dataset; (iii) estimate the genetic parameters based on single nucleotide polymorphisms (SNPs) and a haplotype-approach. Datasets of HCN from Embrapa and IITA breeding programs were analyzed, separately and jointly, with 1,230, 590, and 1,820 clones, respectively. After quality control, ~14K SNPs were used for GP. The genomic estimated breeding values (GEBVs) were predicted based on SNP effects from analyses with TP composed of the following: (i) Embrapa genotypic and phenotypic data, (ii) IITA genotypic and phenotypic data, and (iii) the joint datasets. Comparisons on GEBVs' estimation were made considering the hypothetical situation of not having the phenotypic characterization for a set of clones for a certain research institute/country and might need to use the markers? effects that were trained with data from other research institutes/country's germplasm to estimate their clones? GEBV. Fixation index (FST) among the genetic groups identified within the joint dataset ranged from 0.002 to 0.091. The joint dataset provided an improved accuracy (0.8-0.85) compared to the prediction accuracy of either germplasm?s sources individually (0.51-0.67). CC GP proved to have potential use under the present study's scenario, the correlation between GEBVs predicted with TP from Embrapa and IITA was 0.55 for Embrapa's germplasm, whereas for IITA?s it was 0.1. This seems to be among the first attempts to evaluate the CC GP in plants. As such, a lot of useful new information was provided on the subject, which can guide new research on this very important and emerging field. MenosGenomic prediction (GP) offers great opportunities for accelerated genetic gains by optimizing the breeding pipeline. One of the key factors to be considered is how the training populations (TP) are composed in terms of genetic improvement, kinship/origin, and their impacts on GP. Hydrogen cyanide content (HCN) is a determinant trait to guide cassava?s products usage and processing. This work aimed to achieve the following objectives: (i) evaluate the feasibility of using cross-country (CC) GP between germplasm?s of Embrapa Mandioca e Fruticultura (Embrapa, Brazil) and The International Institute of Tropical Agriculture (IITA, Nigeria) for HCN; (ii) provide an assessment of population structure for the joint dataset; (iii) estimate the genetic parameters based on single nucleotide polymorphisms (SNPs) and a haplotype-approach. Datasets of HCN from Embrapa and IITA breeding programs were analyzed, separately and jointly, with 1,230, 590, and 1,820 clones, respectively. After quality control, ~14K SNPs were used for GP. The genomic estimated breeding values (GEBVs) were predicted based on SNP effects from analyses with TP composed of the following: (i) Embrapa genotypic and phenotypic data, (ii) IITA genotypic and phenotypic data, and (iii) the joint datasets. Comparisons on GEBVs' estimation were made considering the hypothetical situation of not having the phenotypic characterization for a set of clones for a certain research institute/country and might need to use the marke... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Cianeto; Genoma; Germoplasma; Mandioca. |
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Thesaurus Nal: |
Breeding; Cassava; Genomics; Hydrogen cyanide; Population structure. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1149230/1/Santos-et-al-ASA-2023.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230436/1/can-cross-country.pdf
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Marc: |
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520 $aGenomic prediction (GP) offers great opportunities for accelerated genetic gains by optimizing the breeding pipeline. One of the key factors to be considered is how the training populations (TP) are composed in terms of genetic improvement, kinship/origin, and their impacts on GP. Hydrogen cyanide content (HCN) is a determinant trait to guide cassava?s products usage and processing. This work aimed to achieve the following objectives: (i) evaluate the feasibility of using cross-country (CC) GP between germplasm?s of Embrapa Mandioca e Fruticultura (Embrapa, Brazil) and The International Institute of Tropical Agriculture (IITA, Nigeria) for HCN; (ii) provide an assessment of population structure for the joint dataset; (iii) estimate the genetic parameters based on single nucleotide polymorphisms (SNPs) and a haplotype-approach. Datasets of HCN from Embrapa and IITA breeding programs were analyzed, separately and jointly, with 1,230, 590, and 1,820 clones, respectively. After quality control, ~14K SNPs were used for GP. The genomic estimated breeding values (GEBVs) were predicted based on SNP effects from analyses with TP composed of the following: (i) Embrapa genotypic and phenotypic data, (ii) IITA genotypic and phenotypic data, and (iii) the joint datasets. Comparisons on GEBVs' estimation were made considering the hypothetical situation of not having the phenotypic characterization for a set of clones for a certain research institute/country and might need to use the markers? effects that were trained with data from other research institutes/country's germplasm to estimate their clones? GEBV. Fixation index (FST) among the genetic groups identified within the joint dataset ranged from 0.002 to 0.091. The joint dataset provided an improved accuracy (0.8-0.85) compared to the prediction accuracy of either germplasm?s sources individually (0.51-0.67). CC GP proved to have potential use under the present study's scenario, the correlation between GEBVs predicted with TP from Embrapa and IITA was 0.55 for Embrapa's germplasm, whereas for IITA?s it was 0.1. This seems to be among the first attempts to evaluate the CC GP in plants. As such, a lot of useful new information was provided on the subject, which can guide new research on this very important and emerging field.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
20/02/2009 |
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Data da última atualização: |
25/04/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
MITTELMANN, A.; GRIGOLETTI, M. P.; PERES, M. M.; PINTO, V. M.; CORRÊA, B. O.; PIRES, D. da S. |
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Afiliação: |
Andréa Mittelmann, Embrapa Gado de Leite; Marcelo Peirano Grigoletti, UFPel; Milena Moreira Peres, CAVG/UFPel; Vinícius Machado Pinto, UFPel; Bruna Obes Corrêa, UFPel; Dagoberto da Silva Pires, Escola Técnica Estadual de Canguçu. |
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Título: |
Avaliação de populações locais de azévem para produtividade em solo hidromórfico. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA. 45., 2008, Lavras, MG. Anais... Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2008. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Este trabalho teve por objetivo avaliar a produtividade de populações de azevém em solo hidromórfico no Litoral Sul do Rio Grande do Sul. Foram avaliadas quatro populações - A001, A130, A135 e A136 - e três testemunhas: as cultivares Comum, Eclipse e LE284. Foram realizados cortes mecânicos e avaliadas a produtividade de matéria seca total e de matéria seca de folhas. Houve efeito significativo de população, corte e interação genótipo-corte, tanto para produtividade de matéria seca como para produtividade de matéria seca de folha. A produtividade acumulada de matéria seca variou de 3.233 a 4.535 kg/ha e a de matéria seca de folhas de 1.956 a 3.106kg/ha. A cultivar Comum apresentou florescimento precoce, seguida da população A130, evidenciado pela redução na produtividade de matéria seca de folhas. As populações avaliadas diferem quanto à produtividade e sua distribuição ao longo do ciclo, especialmente no que se refere à produtividade de folhas. As populações A135 e A136 estão entre as de maior produtividade e melhor distribuição desta ao longo do ciclo. |
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Palavras-Chave: |
Cultivar. |
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Thesagro: |
Forragem; Lolium Multiflorum; Melhoramento. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/596750/1/Avaliacao-de-populacoes-locais-de-azevem-para-produtividade-em-solo-hidromorfico.pdf
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Marc: |
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520 $aEste trabalho teve por objetivo avaliar a produtividade de populações de azevém em solo hidromórfico no Litoral Sul do Rio Grande do Sul. Foram avaliadas quatro populações - A001, A130, A135 e A136 - e três testemunhas: as cultivares Comum, Eclipse e LE284. Foram realizados cortes mecânicos e avaliadas a produtividade de matéria seca total e de matéria seca de folhas. Houve efeito significativo de população, corte e interação genótipo-corte, tanto para produtividade de matéria seca como para produtividade de matéria seca de folha. A produtividade acumulada de matéria seca variou de 3.233 a 4.535 kg/ha e a de matéria seca de folhas de 1.956 a 3.106kg/ha. A cultivar Comum apresentou florescimento precoce, seguida da população A130, evidenciado pela redução na produtividade de matéria seca de folhas. As populações avaliadas diferem quanto à produtividade e sua distribuição ao longo do ciclo, especialmente no que se refere à produtividade de folhas. As populações A135 e A136 estão entre as de maior produtividade e melhor distribuição desta ao longo do ciclo.
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700 1 $aPIRES, D. da S.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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